E' importante ricordare che tutte le specie di cetacei, siano essi Odontoceti o Misticeti, compaiono nelle liste della CITES, Convenzione internazionale che dal 1973 regola il commercio mondiale di piante ed animali selvatici. Le direttive CITES si basano su elenchi che distribuiscono su due diverse Appendici le specie da tutelare, in funzione del grado di vulnerabilità da esse mostrato. L'Appendice 1 comprende le specie (oltre 600, tra flora e fauna) minacciate di estinzione, per le quali vige una tutela assoluta, con divieto inderogabile di prelievo e commercio di esemplari o loro parti. Nell'Appendice 2 troviamo invece quelle specie (oltre 40000, tra flora e fauna) il cui status di vulnerabilità impone un sistema di controllo e regolamentazione del commercio basato su prelievi limitati e soggetti a permessi restrittivi, a fini conservativi. La caccia ai cetacei, in particolare, è ulteriormente regolamentata dalla Commissione baleniera internazionale (IWC), che stabilisce per le diverse aree quali e quanti animali possono essere uccisi annualmente da certe popolazioni indigene e dalle flotte baleniere degli Stati membri che ancora praticano questa attività (è il caso di Norvegia, Giappone e Islanda, tra gli altri).

Una moratoria del 1986 ha ulteriormente ridotto il numero ufficiale dei cetacei a disposizione dei cacciatori: un simile risultato è stato raggiunto, nonostante i grossi interessi economici in gioco, anche grazie alla pressione di movimenti protezionistici, cui va sicuramente parte del merito per aver spinto l'IWC a ridurre di quasi il 97% le catture autorizzate, dalla sua istituzione ad oggi.

Al prelievo dovuto all'industria baleniera vanno poi aggiunte le quote relative alle "morti accidentali" dei cetacei (soprattutto piccoli Odontoceti) che finiscono nelle reti da pesca, ed in particolare in quelle a circuizione usate per i tonni: solo nel Pacifico tropicale orientale, le flotte dedite alla pesca dei tonni sono responsabili della morte di circa 50.000 delfini all'anno.

Al momento, non si conoscono invece con precisione gli effetti che molti inquinanti immessi dall'uomo nell'ambiente marino hanno sui cetacei: particolarmente preoccupanti sono le innumerevoli sostanze tossiche liposolubili (organoalogeni) presenti in prodotti (pesticidi, fungicidi, erbicidi e insetticidi) largamente utilizzati in agricoltura, oppure derivanti da lavorazioni industriali, sotto forma di scorie.

Si tratta di molecole la cui natura chimica ostacola i processi di diluizione e smaltimento nelle acque, favorendone invece la fissazione nei grassi organici, verso i quali tali sostanze mostrano un'elevata affinità: queste caratteristiche permettono agli organoalogeni di entrare nelle reti trofiche, a partire dalle diatomee, alghe unicellulari che costituiscono il fitoplancton e sono fornite di una gocciolina lipidica che ne assicura il galleggiamento.

Una volta immagazzinati nelle diatomee, gli organoalogeni passano agli organismi zooplanctonici che di queste si nutrono e quindi, in concentrazioni sempre maggiori, a tutti i gradini della piramide alimentare che da lì prende origine.

In base a tale meccanismo, questa categoria di molecole liposolubili (ed in particolare i cosiddetti PCB, bifenili policlorurati, la cui produzione è stata bloccata solo di recente), risulta particolarmente pericolosa per quegli organismi che occupano i vertici delle piramidi alimentari, la cui struttura comporta automaticamente un incremento delle concentrazioni delle sostanze tossiche gradino dopo gradino.

I cetacei (e l'uomo), in quanto predatori, accumulano nei loro tessuti le più elevate quantità di PCB, perchè nè il loro organismo nè quello delle loro prede è in grado di demolire tali molecole e quindi non può far altro che immagazzinarle.

Nonostante gli studi in merito siano ancora in atto e resti da determinare qual è la dose di organoalogeni letale per un mammifero marino, è già stato appurato che i PCB in cetacei e foche riducono l'efficienza del sistema immunitario, inducendo una sindrome sorprendentemente simile all'AIDS umano.
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